一、生态环境与城市建设学院行政机构
党政办公室
教学办公室
团委办公室学生工作办公室
二、生态环境与城市建设学院教学机构
建筑环境与能源应用工程教研室
给排水科学与工程教研室
环境工程教研室
化学教研室
生态环境与城市建设学院实验中心
面向海西建设环境与市政工程应用复合型人才培养模式创新实验区（省级）
环境科学与工程实验教学中心（省级实验教学示范中心）
环境工程专业实验教学中心（省级实验教学示范中心）
给排水与暖通燃气实验教学中心(省级实验教学示范中心）
化工安全与环保虚拟仿真实验教学中心（省级虚拟仿真实验教学中心）
三、生态环境与城市建设学院科研机构
福建省水污染阻控与系统智能技术工程研究中心
福建理工大学省工业节能与绿色发展评价中心
福建理工大学节水技术科普教育基地
福建省室内环境工程技术研究中心
人居环境污染治理技术研究科技创新团队
建筑新能源与节能福建省高校重点实验室
绿色节能环境材料福建省高校工程研究中心
福州市智慧环保行业技术创新中心
福州市绿色化工与清洁生产行业技术创新中心
福建理工大学能源装备与储能安全研究所
福建理工大学环境保护研究所
福建理工大学水科学与水质保障工程技术研究中心